L’optimisation technique et économique des filières volailles passe par une gestion structurelle et fonctionnelle du tube digestif. Le management de ce tractus digestif constitue un élément majeur de compétitivité. Son bon fonctionnement est basé sur un équilibre dynamique entre les cellules épithéliales, le système immunitaire et la flore présente dans ce milieu.
L’environnement de production impacte le fonctionnement du tube digestif : pression sanitaire, augmentation de la productivité (kilotages élevés), mauvais pilotage de l’élevage (extraction de l’humidité insuffisante par exemple). Ces déséquilibres s’observent sur le terrain notamment par l’apparition de fientes intestinales gorgées en eau, pouvant contenir des particules non digérées, et de fientes caecales jaunes mousseuses (témoins de fermentations dans les caeca). Un essai mené en dinde à la station de recherche de Saint Symphorien révèle en effet qu’un environnement et un apport alimentaire dégradés (densité élevée, formulation avec des matières premières peu digestibles, …) influencent le profil bactérien et sa diversité au niveau iléal.